Музичка академија Универзитета у Источном Сарајеву почела је са радом школске 1994/1995. године, на територији општине Илиџа, а од 1996. године просторије Музичке академије налазе се у згради Електротехничког факултета у Источном Сарајеву. Први декан Музичке академије био је академик Војин Комадина. Несебичним залагањем њега и његових сарадника, у отежаним, ратним условима, омогућено је одвијање наставе и створени предуслови да се Академија, током наредних година, развије у респектабилну установу, са резултатима који су јој омогућили углед, како на домаћем, тако и на интернационалном плану.
Настава на Музичкој академији се одвија се у оквиру два студијска програма: Вокално-инструменталном (ВИСП) и Музичко-педагошко-теоријском (МПТСП) на првом и другом циклусу студија у оквиру 7 студијских смјерова: Соло пјевање, Клавир, Хармоника, Виолина, Виола, Флаута и Гитара. Наставни процес се изводи по систему 4+1 – четири године првог циклуса студија (bachelor) и једна година другог циклуса студија (master). Европски систем преносивих бодова (ECTS) спроведен је на свим предметима студијског програма, а уведен је академске 2007/2008. године. Расподјела ECTS бодова је извршена према значају предмета који су сврстани у главне, обавезне и изборне и тако су представљени и у Наставном плану и програму. Сви предмети имају појединачно дефинисану бодовну вриједност у складу са европским системом преноса бодова, при чему једном боду одговара приближно 30 сати укупне активности студента. Већина наставних предмета су двосеместрални, односно заступљени кроз цијели студиј због специфичности студирања на музичким академијама.
Студије на првом циклусу студирања подразумјевају 240 ECTS бодова (30 ECTS бодова по семестру), а на другом циклусу студија – 60 ECTS бодова (за два семестра). Студије на Музичкој академији се организују као редовне, а начин извођења наставе је образовање у сједишту. Образовни процес првог циклуса наставља се на другом циклусу студија са којим представља усклађену цјелину, а у плану је и покретање трећег циклуса студија (докторске студије), чиме би се заокружио читав образовни систем на Музичкој академији.
У протеклом периоду посебна пажња је посвећена обогаћивању инструментарија и библиотечког фонда, опремању простора Музичке академије, организацији и реализацији важних међународних стручних скупова, остваривању високог степена сарадње са престижнијим европским и свјетским академијама, размјени искустава и сл., чиме се настоји унаприједити наставни процес у највећој могућој мјери. Реноме и углед, постигнут захваљујући изузетним резултатима у раду, омогућио је да Музичка академија буде организатор значајних интернационалних скупова и такмичења као што су: Сусрети младих пијаниста Југоисточне Европе (октобар 2007. и 2009.), 58. Свјетски трофеј хармонике (октобар 2008.) и један од значајнијијих европских фестивала за солисте на хармоници у области академске музике Акордеон Aрт. „Акордеон арт“ фестивал се од 2010. године, континуирано одржава на Музичкој академији, а од 2018. године је проширен, тако да поред досадашњег такмичења хармонике, садржи и Међународно такмичење пијаниста, а све под називом АКОРДЕОН АРТ плус. Уведене су нове такмичарске категорије у области клавира (клавир соло, клавирски дуо и клавирски практикум), као и у области хармонике (варијете), те камерне музике и оркестра хармоника, тако да сада Фестивал укупно има 36 такмичарских категорија, што је свакако довело до значајног омасовљења Фестивала.
Mузичкa академијa је легатар еминентног композитора и музичког педагога Властимира Перичића, који се, према његовој личној жељи, чува у библиотеци Музичке академије. У оквиру легата могу се пронаћи лични списи, рукописи, забиљешке, документа, писма, програми концерата, литература из музикологије на неколико свјетских језика, публикације нотног материјала домаћих и страних композитора, зборници, те публикације различитог класификационог садржаја. Укупан број публикација легата је 1458.
Музичка академија је члан AEC-a (Association Européenne des Conservatoires), CIA (Confédération Internationale des Accordéonistes), CMA (Confédération Mondiale de’ lAccordéon) и Музичког савјета при УНЕСКО/чланство Асоцијацие за његовање академске музике Нови звук (European Music Council-UNESCO)
Музичка академија има потписане уговоре и протоколе о сарадњи са Руском националном музичком академијом „Гњесиних“ из Москве, Украјинском националном музичком академијом „П.И Чајковски“ из Кијева, Државним институтом за културу и умјетност из Белгорода (Русија), Националном Музичком академијом из Лугањска (Украјина), Музичком академијом из Осла, Академијом уметности из Ниша као и потписан мултилатерални споразум са музичким академијама из региона (Сарајево, Београд, Сплит, Љубљана, Нови Сад, Скопље, Осијек, Цетиње, Бања Лука, Загреб).
У оквиру потписаних Споразума о сарадњи, остварена је мобилност студената и наставног кадра између Музичке академије УИС-а и музичких академија из Белгорода (Руска Федерација) и Лугањска (Украјина); еминентни предавачи одржали су стручна предавања, свој рад представили су и свјетски познати композитори, а по основу наведених Споразума, у протеклом периоду су одржани и бројни концерти значајних умјетника из Русије и Украјине.
Значајни су резултати наших студената и професора и бројне освојене награде и признања, која на најљепши начин осликавају преданост и стручност у послу којим се бавимо. Истичемо постигнуте резултате наших студената на смјеровима за Соло пјевање, Клавир, Хармонику, Флауту, Гитару, Виолину, као и изузетне резултате нашег камерног хора, који је основан у оквиру Смјера за црквену музику и појање, јединственог те врсте на просторима Балкана. Камерни хор је у свом досадашњем раду имао изузетно богату концертну активност и са задовољством се може констатовати да је ансамбл стекао велики углед, не само у домаћим, већ и у међународним оквирима. Истичемо на стотине концерата и наступа у земљи и иностранству као и низ врхунских резултата освојивши највеће награде и признања на многим престижним европским такмичењима и фестивалима.
Током 29 година постојања и рада, Музичка академија је имала низ значајних активности које су допринијеле да израсте у озбиљну умјетничку институцију. Својим радом и резултатима значајно је допринијела афирмацији музичке умјетности уопште, представљајући себе, Републику Српску и БиХ у домаћим и међународним оквирима. Та афирмација остварује се кроз богату концертну активност студената и професора Музичке академије на домаћој и међународној концертној сцени, учешћем на домаћим и међународним такмичењима, фестивалима, на заједничким пројектима музичких академија из земаља региона, учешћем наставног кадра Академије у раду жирија на домаћим и међународним такмичењима, активностима на међународним конгресима и научним скуповима, као и успјешном сарадњом са домаћим културним институцијама, међународним организацијама и дипломатско-конзуларним представништвима као и различитим медијским кућама.