Muzička akademija Univerziteta u Istočnom Sarajevu počela je sa radom školske 1994/1995. godine, na teritoriji opštine Ilidža, a od 1996. godine prostorije Muzičke akademije nalaze se u zgradi Elektrotehničkog fakulteta u Istočnom Sarajevu. Prvi dekan Muzičke akademije bio je akademik Vojin Komadina. Nesebičnim zalaganjem njega i njegovih saradnika, u otežanim, ratnim uslovima, omogućeno je odvijanje nastave i stvoreni preduslovi da se Akademija, tokom narednih godina, razvije u respektabilnu ustanovu, sa rezultatima koji su joj omogućili ugled, kako na domaćem, tako i na internacionalnom planu.
Nastava na Muzičkoj akademiji se odvija se u okviru dva studijska programa: Vokalno-instrumentalnom (VISP) i Muzičko-pedagoško-teorijskom (MPTSP) na prvom i drugom ciklusu studija u okviru 7 studijskih smjerova: Solo pjevanje, Klavir, Harmonika, Violina, Viola, Flauta i Gitara. Nastavni proces se izvodi po sistemu 4+1 – četiri godine prvog ciklusa studija (bachelor) i jedna godina drugog ciklusa studija (master). Evropski sistem prenosivih bodova (ECTS) sproveden je na svim predmetima studijskog programa, a uveden je akademske 2007/2008. godine. Raspodjela ECTS bodova je izvršena prema značaju predmeta koji su svrstani u glavne, obavezne i izborne i tako su predstavljeni i u Nastavnom planu i programu. Svi predmeti imaju pojedinačno definisanu bodovnu vrijednost u skladu sa evropskim sistemom prenosa bodova, pri čemu jednom bodu odgovara približno 30 sati ukupne aktivnosti studenta. Većina nastavnih predmeta su dvosemestralni, odnosno zastupljeni kroz cijeli studij zbog specifičnosti studiranja na muzičkim akademijama.
Studije na prvom ciklusu studiranja podrazumjevaju 240 ECTS bodova (30 ECTS bodova po semestru), a na drugom ciklusu studija – 60 ECTS bodova (za dva semestra). Studije na Muzičkoj akademiji se organizuju kao redovne, a način izvođenja nastave je obrazovanje u sjedištu. Obrazovni proces prvog ciklusa nastavlja se na drugom ciklusu studija sa kojim predstavlja usklađenu cjelinu, a u planu je i pokretanje trećeg ciklusa studija (doktorske studije), čime bi se zaokružio čitav obrazovni sistem na Muzičkoj akademiji.
U proteklom periodu posebna pažnja je posvećena obogaćivanju instrumentarija i bibliotečkog fonda, opremanju prostora Muzičke akademije, organizaciji i realizaciji važnih međunarodnih stručnih skupova, ostvarivanju visokog stepena saradnje sa prestižnijim evropskim i svjetskim akademijama, razmjeni iskustava i sl., čime se nastoji unaprijediti nastavni proces u najvećoj mogućoj mjeri. Renome i ugled, postignut zahvaljujući izuzetnim rezultatima u radu, omogućio je da Muzička akademija bude organizator značajnih internacionalnih skupova i takmičenja kao što su: Susreti mladih pijanista Jugoistočne Evrope (oktobar 2007. i 2009.), 58. Svjetski trofej harmonike (oktobar 2008.) i jedan od značajnijijih evropskih festivala za soliste na harmonici u oblasti akademske muzike Akordeon Art. „Akordeon art“ festival se od 2010. godine, kontinuirano održava na Muzičkoj akademiji, a od 2018. godine je proširen, tako da pored dosadašnjeg takmičenja harmonike, sadrži i Međunarodno takmičenje pijanista, a sve pod nazivom AKORDEON ART plus. Uvedene su nove takmičarske kategorije u oblasti klavira (klavir solo, klavirski duo i klavirski praktikum), kao i u oblasti harmonike (varijete), te kamerne muzike i orkestra harmonika, tako da sada Festival ukupno ima 36 takmičarskih kategorija, što je svakako dovelo do značajnog omasovljenja Festivala.
Muzička akademija je legatar eminentnog kompozitora i muzičkog pedagoga Vlastimira Peričića, koji se, prema njegovoj ličnoj želji, čuva u biblioteci Muzičke akademije. U okviru legata mogu se pronaći lični spisi, rukopisi, zabilješke, dokumenta, pisma, programi koncerata, literatura iz muzikologije na nekoliko svjetskih jezika, publikacije notnog materijala domaćih i stranih kompozitora, zbornici, te publikacije različitog klasifikacionog sadržaja. Ukupan broj publikacija legata je 1458.
Muzička akademija je član AEC-a (Association Européenne des Conservatoires), CIA (Confédération Internationale des Accordéonistes), CMA (Confédération Mondiale de’ lAccordéon) i Muzičkog savjeta pri UNESKO/članstvo Asocijacie za njegovanje akademske muzike Novi zvuk (European Music Council-UNESCO)
Muzička akademija ima potpisane ugovore i protokole o saradnji sa Ruskom nacionalnom muzičkom akademijom „Gnjesinih“ iz Moskve, Ukrajinskom nacionalnom muzičkom akademijom „P.I Čajkovski“ iz Kijeva, Državnim institutom za kulturu i umjetnost iz Belgoroda (Rusija), Nacionalnom Muzičkom akademijom iz Luganjska (Ukrajina), Muzičkom akademijom iz Osla, Akademijom umetnosti iz Niša kao i potpisan multilateralni sporazum sa muzičkim akademijama iz regiona (Sarajevo, Beograd, Split, Ljubljana, Novi Sad, Skoplje, Osijek, Cetinje, Banja Luka, Zagreb).
U okviru potpisanih Sporazuma o saradnji, ostvarena je mobilnost studenata i nastavnog kadra između Muzičke akademije UIS-a i muzičkih akademija iz Belgoroda (Ruska Federacija) i Luganjska (Ukrajina); eminentni predavači održali su stručna predavanja, svoj rad predstavili su i svjetski poznati kompozitori, a po osnovu navedenih Sporazuma, u proteklom periodu su održani i brojni koncerti značajnih umjetnika iz Rusije i Ukrajine.
Značajni su rezultati naših studenata i profesora i brojne osvojene nagrade i priznanja, koja na najljepši način oslikavaju predanost i stručnost u poslu kojim se bavimo. Ističemo postignute rezultate naših studenata na smjerovima za Solo pjevanje, Klavir, Harmoniku, Flautu, Gitaru, Violinu, kao i izuzetne rezultate našeg kamernog hora, koji je osnovan u okviru Smjera za crkvenu muziku i pojanje, jedinstvenog te vrste na prostorima Balkana. Kamerni hor je u svom dosadašnjem radu imao izuzetno bogatu koncertnu aktivnost i sa zadovoljstvom se može konstatovati da je ansambl stekao veliki ugled, ne samo u domaćim, već i u međunarodnim okvirima. Ističemo na stotine koncerata i nastupa u zemlji i inostranstvu kao i niz vrhunskih rezultata osvojivši najveće nagrade i priznanja na mnogim prestižnim evropskim takmičenjima i festivalima.
Tokom 25 godina postojanja i rada, Muzička akademija je imala niz značajnih aktivnosti koje su doprinijele da izraste u ozbiljnu umjetničku instituciju. Svojim radom i rezultatima značajno je doprinijela afirmaciji muzičke umjetnosti uopšte, predstavljajući sebe, Republiku Srpsku i BiH u domaćim i međunarodnim okvirima. Ta afirmacija ostvaruje se kroz bogatu koncertnu aktivnost studenata i profesora Muzičke akademije na domaćoj i međunarodnoj koncertnoj sceni, učešćem na domaćim i međunarodnim takmičenjima, festivalima, na zajedničkim projektima muzičkih akademija iz zemalja regiona, učešćem nastavnog kadra Akademije u radu žirija na domaćim i međunarodnim takmičenjima, aktivnostima na međunarodnim kongresima i naučnim skupovima, kao i uspješnom saradnjom sa domaćim kulturnim institucijama, međunarodnim organizacijama i diplomatsko-konzularnim predstavništvima kao i različitim medijskim kućama.